2019年(nián)10月1日(rì),5-羟(qiǎng)甲基化(huà)胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在糖尿病研究领域取(qǔ)得重(chóng)要进展。2型(xíng)糖(táng)尿病(T2D)的血管并发症(zhèng)是导(dǎo)致2型糖尿(niào)病致(zhì)残致(zhì)死的重要病因,一直缺乏(fá)一种无创便捷的临床途径实现血管并发症的发生发展监测,达到早发现、早干预,以提(tí)高T2D病(bìng)人的整体(tǐ)生活质量,减少(shǎo)卫生经(jīng)济负担。
该研究入组了(le)62例(lì)2型(xíng)糖尿病病人,采用5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中(zhōng)表观遗传标志物5hmC的(de)分布情(qíng)况进行(háng)检测,分析5hmC标志物与(yǔ)2型糖尿病血管并(bìng)发症发(fā)生发展(zhǎn)的(de)相关性(xìng)。结果表明5hmC标志物的变化与T2D合并大血管/微血管事(shì)件具有相关性,主(zhǔ)要涉及一些与(yǔ)血管生(shēng)物(wù)学和糖尿病(包括胰岛素(sù)耐受和炎(yán)症反应(yīng))相(xiàng)关的基因和信号通路。该研究建(jiàn)立的16个基因-5hmC标志物组合检测可以准(zhǔn)确区(qū)分(fèn)有并发症和无并发症(zhèng)的2型糖(táng)尿(niào)病病人(rén)[实(shí)验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优(yōu)于传统临床变量例如白蛋白尿。除此之外,还建立了(le)13个基因(yīn)-5hmC标志(zhì)物组合检(jiǎn)测(cè),可以进(jìn)一步区分T2D合(hé)并单(dān)一并发症(zhèng)和多种并发症[实(shí)验(yàn)组(zǔ):AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于其他传统临床变量。该研究(jiū)得出结(jié)论,5hmC标志物反映了T2D病(bìng)人大血管/微血管(guǎn)并(bìng)发症发生过程中(zhōng)的表观遗(yí)传变化,因而5hmC-Seal检(jiǎn)测技(jì)术在(zài)监测糖尿病血管(guǎn)并发(fā)症(zhèng)发(fā)生和(hé)进(jìn)展方面具有(yǒu)良好的临床应用前景。
试验(yàn)设计
本研(yán)究共纳入(rù)62例2型糖(táng)尿病病人,包括没有血(xuè)管并发症的病(bìng)人12例,有单一血管并发症(zhèng)的(de)病(bìng)人34例(24例发生大血管事(shì)件,10例发生微血(xuè)管事件),以及有(yǒu)多种血管并(bìng)发(fā)症的病人16例。试(shì)验收集62例病人血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获外周血cfDNA中的5hmC序列,进行二代(dài)测序,通过生物(wù)信(xìn)息学分析找出并(bìng)发症组与无并发症组之间有显著5hmC修饰(shì)差异的基因,单一并发症组(zǔ)和多种(zhǒng)并发症组之间有显著5hmC修饰差异(yì)的(de)基因。随后利用(yòng)回归模型对(duì)差异基因进一步(bù)筛选(xuǎn)、优(yōu)化,弹(dàn)性网络(luò)进一(yī)步筛选,计算加权平均(jun1)分,最(zuì)后得到一组具有高度灵敏度和特异性的5hmC生物(wù)标记(jì)物,并进(jìn)一步在实(shí)验组中验证,分析其(qí)灵敏度(dù)和(hé)特异性(xìng)。并将新建立的5hmC标志物基因组合的检测性能与传统临床变量进行对比分析。最后对相关基因进行了(le)信号通路分析(xī)和功能探究。
5hmC修饰水平与血管并(bìng)发(fā)症具有相关性
利(lì)用(yòng)逻辑回(huí)归模型对(duì)62例有并发(fā)症(zhèng)和无并发症2型(xíng)糖尿病(bìng)病人的5hmC差异水平进行分析发现,有并发症2型糖尿病病人的622个差异修饰候选基因(包括上调和下调基因)的归(guī)一(yī)化平均(jun1)数要明显高于无并发症的病(bìng)人(P<0.001),但是单一并发症和多发(fā)并发症病人之(zhī)间没有显著差异。
之后将有(yǒu)单(dān)一并发症或多(duō)种并发症的50例病(bìng)人用逻辑回归模型进行(háng)了(le)对比,发(fā)现多种并发症的病(bìng)人的153个差异修饰候选基因(包括上调(diào)和下调(diào)基(jī)因)的归一化平均数要(yào)低于(yú)无并发症病(bìng)人(P<0.001)。
5hmC标志(zhì)物可区分(fèn)有无并(bìng)发症患者
62例2型糖尿病病人被随机(jī)分成训练组(n=31)和测试组(n=31)。利用弹性网(wǎng)络筛选(xuǎn)后(hòu)发现,16基(jī)因(yīn)-5hmC标志(zhì)物组合检测可以(yǐ)用于区分有(yǒu)并(bìng)发症和无并发(fā)症的2型糖尿病病(bìng)人(rén)。
基于16基因组合(hé)模型 (Detection Model 1) 的加权平均分分析,发现无并发症病人的分数在训(xùn)练集和测试集(jí)中都明显(xiǎn)低于有并发症的病人。只考虑加权平(píng)均分的话,受试者工作特征曲线(ROC)分析表明将(jiāng)cutoff值设(shè)置成0.5时,在测试(shì)组中(zhōng)中的灵敏度(dù)为60%,特异性为100%。 5hmC标志物可区分病人(rén)是单一并发症还是多种(zhǒng)并发症 50例有并发(fā)症的2型糖尿病病人被随机分成训练组(n=25)和(hé)测(cè)试组(n=25)。利用弹性(xìng)网(wǎng)络筛选后发(fā)现,13基因-5hmC标志物组合可以区分2型糖尿病病人是否发生单(dān)一(yī)并发症(zhèng)或多种并发症。 基(jī)于13基因组合模(mó)型(xíng) (Detection Model 2), 我们计(jì)算了单(dān)一并发症和多(duō)种并(bìng)发症的加权平均分(fèn),发现在(zài)训练(liàn)集和测试集(jí)中(zhōng)单一并(bìng)发症和多种并发症病人的(de)分数(shù)都(dōu)有明显差异。值得(dé)一提的是,有肾病(bìng)并发(fā)症和无肾病并(bìng)发(fā)症病人的(de)分数也有明显差异。利用加权平均分作为判断标准的受(shòu)试者工作特征曲线(ROC)表明,在(zài)测试组中当将cutoff值设成0.69时,灵敏度为(wéi)87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标志物与传统临床变量/危险因子的对比 我们评估(gū)了不同临床变量/危险因子(zǐ)用(yòng)于监测血管并发症的灵敏度和特异性(见表(biǎo)1)。
总(zǒng)体(tǐ)来说(shuō),结果表明一些临(lín)床变量(如尿液白(bái)蛋白、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白a)虽然(rán)具有一(yī)定的灵敏度(dù)和特异性,但(dàn)是(shì)整体准确度仍然差强人意,因此临床(chuáng)需(xū)要更加(jiā)准确的方法。另(lìng)外,我们(men)还在训练组中建立5hmC和不同临床变(biàn)量的多变量组(zǔ)合模型(xíng)进行评估(gū),该模(mó)型加权平(píng)均分(fèn)的AUC要明显(xiǎn)大(dà)于传统临(lín)床变量(liàng)的AUC。若将这(zhè)些临(lín)床变量(liàng)与(yǔ)加权平均分进行结合,AUC也将进一步提(tí)高。因此,该(gāi)多变量模(mó)型表明加权平均分可作为一个独立的指标(biāo)用于监测(cè)2型糖尿病血(xuè)管并发症。
信号通路分析和功能(néng)探究 有并发症和无并发症病人的135个差异候(hòu)选基因的功能注释分析(xī)表明(míng),这些基因(yīn)主要(yào)富集在一些(xiē)经(jīng)典(diǎn)的信号通路(lù)。错(cuò)误发现率相关(guān)P值位于前10%和(hé)基因数(shù)目≥3的(de)信号通路包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信号(hào)通路。由IGF1R和IL-10介(jiè)导的信号通路与胰岛(dǎo)素抵抗及炎症反应相关(guān),在血管生物学和糖尿病发生发(fā)展过程中发挥(huī)重要作用。 Reactome相互作用网络的中(zhōng)心表明,泛素编码基因[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛素A-52亚基核糖体蛋白(bái)融(róng)合产物1(UBA52)]是候选基因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重要连(lián)接者。在这135个差异候(hòu)选基因中, 一些基因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现出与(yǔ)糖尿(niào)病(bìng)病程相关的倾向,表(biǎo)明5hmC和糖尿病血管并发症之间可能存在时间依赖性的相互作用(yòng)。基于纵向时间队列的大(dà)样本(běn)研究(jiū),将可进一步明(míng)确5hmC变化和糖(táng)尿(niào)病持续时(shí)间(jiān)之间的动态关联。关(guān)于(yú)单一并发(fā)症和多种(zhǒng)并发症病人的(de)159个候选标志基因(yīn)的功能(néng)注释研究发(fā)现,存在细胞(bāo)-细(xì)胞连接(jiē)、胶原(yuán)蛋(dàn)白形成、新陈代谢、细胞(bāo)应激应(yīng)答信号通路的富(fù)集,这些信号通路均与细胞(bāo)基本(běn)功能密切相关。 研(yán)究意义 血管并(bìng)发症(zhèng)是三分之二糖尿病病人的死(sǐ)亡原因,若能及早有效控制血管并发(fā)症的发生,将极大地改(gǎi)善糖尿病病人(rén)的生存质量。该研(yán)究(jiū)建立(lì)了一(yī)种利用cfDNA进行2型(xíng)糖尿病(bìng)血(xuè)管并(bìng)发症监测的无创便捷方法,较目前临床标志物能更准确(què)地(dì)监控血管并发症的发生,从而提示临床(chuáng)及(jí)早采取应对措(cuò)施,有效控制病(bìng)情进展。
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