2019年10月(yuè)1日,5-羟甲基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在(zài)糖尿病研究领域取得重要进(jìn)展。2型糖(táng)尿病(bìng)(T2D)的(de)血管并发症是导致2型糖尿病致残致死的重要病(bìng)因,一直缺乏一种无创(chuàng)便捷的临床(chuáng)途径实现血(xuè)管并发症(zhèng)的发生发展监测(cè),达到早发现、早干预,以提高(gāo)T2D病人的整体(tǐ)生活(huó)质量,减少卫(wèi)生经济负担。
该研(yán)究入组了62例(lì)2型(xíng)糖(táng)尿病病人,采用(yòng)5hmC-Seal技术对(duì)血浆cfDNA中表(biǎo)观遗传标志物5hmC的(de)分布情况进行检测,分析(xī)5hmC标(biāo)志物与2型糖(táng)尿病(bìng)血管并发(fā)症发生发展(zhǎn)的相关性。结果(guǒ)表明5hmC标志物的变化与T2D合并大(dà)血管/微血管事件具(jù)有相(xiàng)关性,主要涉及一(yī)些与血(xuè)管生(shēng)物学(xué)和糖尿病(bìng)(包括(kuò)胰岛素耐受(shòu)和炎症反应)相关的(de)基因(yīn)和信号(hào)通(tōng)路。该研究(jiū)建立的16个基因-5hmC标(biāo)志物(wù)组合检(jiǎn)测可以准确区(qū)分有并发症和无并(bìng)发症的2型糖尿病病(bìng)人[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显(xiǎn)优于传统临床变量例如(rú)白蛋白尿。除此之外,还建立(lì)了13个基因-5hmC标志(zhì)物组合检测,可以进一步区(qū)分T2D合并(bìng)单(dān)一并发症(zhèng)和多种并发症[实验(yàn)组(zǔ):AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明(míng)显优于其他(tā)传统临(lín)床变(biàn)量。该(gāi)研(yán)究得出(chū)结论,5hmC标志物反映(yìng)了T2D病人(rén)大血管/微血管并发(fā)症发(fā)生过程中的表观遗传变化(huà),因而5hmC-Seal检测技术在监测糖尿病血管并发(fā)症发生和进(jìn)展方面具(jù)有良好(hǎo)的临床应用前景。
试验设计
本研究共(gòng)纳入62例2型糖(táng)尿病病人,包括没有血管并发症的病人12例(lì),有(yǒu)单一血(xuè)管(guǎn)并发症的病(bìng)人(rén)34例(24例发生大(dà)血管事件,10例发生(shēng)微血管事件(jiàn)),以(yǐ)及有多种血管并发症的病(bìng)人16例(lì)。试验收集62例病人血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技(jì)术捕获外周血cfDNA中(zhōng)的5hmC序列,进(jìn)行二代测序,通过生物信(xìn)息学(xué)分析(xī)找出并发症组与无并发症(zhèng)组之间有显著5hmC修饰差异的基因,单一(yī)并发(fā)症组(zǔ)和多种并发症组之间有显著5hmC修饰差异的基因。随后利用回归模型对差异基因进一步(bù)筛选、优化,弹性(xìng)网络(luò)进一步筛选,计算加权平均分,最(zuì)后(hòu)得(dé)到一组具(jù)有高度灵敏度和特异性的5hmC生物标记物(wù),并进一(yī)步在实验组中验证,分析其灵敏度和特异性。并将新建立的5hmC标志物基因(yīn)组(zǔ)合的检测性能与传统(tǒng)临床变量(liàng)进行对比分析(xī)。最后(hòu)对相关(guān)基因进行了信(xìn)号通路分析和(hé)功(gōng)能探究。
5hmC修饰水平与血(xuè)管并发症具有相关性(xìng)
利用逻辑回归模型对62例有并发症和无(wú)并发症2型糖(táng)尿病病人的5hmC差异水平进(jìn)行分析(xī)发现(xiàn),有(yǒu)并发症2型糖(táng)尿病病人的622个差异修(xiū)饰候选基因(包括上调和下调基因)的归一化(huà)平均数要明显高于无并发症的(de)病人(P<0.001),但是单(dān)一并发症和多发并发症(zhèng)病人之间没有显著差异。
之后将有单一并发症或多种(zhǒng)并(bìng)发症(zhèng)的50例病人(rén)用逻(luó)辑回(huí)归模型进行(háng)了对比,发现多种并发症的(de)病人的(de)153个差异(yì)修饰候选基因(包括上调和下(xià)调基(jī)因(yīn))的归一(yī)化平均数要低于无并发症病(bìng)人(P<0.001)。
5hmC标志物(wù)可区分有无并发症患者
62例2型糖(táng)尿病(bìng)病人(rén)被随机分成训练组(n=31)和测试组(zǔ)(n=31)。利用(yòng)弹性(xìng)网络筛选后发现,16基因-5hmC标志物组合检测可以用于区分有并发症和无并(bìng)发(fā)症的2型糖尿病病人。
基于16基(jī)因组合模型 (Detection Model 1) 的加权平(píng)均(jun1)分分析,发现无并发症病人的分数在(zài)训练集和测(cè)试集中都(dōu)明显低于有并发症的(de)病人。只考虑加权平均分的(de)话,受试者工作(zuò)特征曲(qǔ)线(ROC)分(fèn)析表(biǎo)明将cutoff值设置成0.5时(shí),在测试(shì)组中中的灵敏度为60%,特异性为100%。 5hmC标(biāo)志物可区分病人是单(dān)一并发症还是多种并(bìng)发症(zhèng) 50例有(yǒu)并发症的2型糖(táng)尿病(bìng)病人被随机分成训练组(n=25)和测试组(n=25)。利用弹性网络筛选后发(fā)现,13基(jī)因-5hmC标志物组合可以区分2型糖尿(niào)病(bìng)病人是否发生(shēng)单一并发症(zhèng)或多种并发症(zhèng)。 基(jī)于(yú)13基(jī)因组合模(mó)型 (Detection Model 2), 我们计算(suàn)了单一并发症和多种并发症的加权平均分,发(fā)现在训练集和测试集中单一并发(fā)症和多种并发症(zhèng)病人(rén)的(de)分数都有明显差异。值得(dé)一提的是,有肾病并发症和(hé)无肾病并(bìng)发症病人的分数也有明显差异(yì)。利用加权平均分作(zuò)为判断标准的受(shòu)试者工作特征曲线(ROC)表明,在测试(shì)组中当(dāng)将cutoff值设成0.69时,灵敏度为87.5%,特异性为68.8%。 5hmC标志物(wù)与传(chuán)统临床变量/危险因子(zǐ)的对比 我们评(píng)估了(le)不同(tóng)临床变(biàn)量/危险(xiǎn)因(yīn)子(zǐ)用(yòng)于监测血管(guǎn)并发症的灵敏度和特(tè)异性(见表1)。
总体来(lái)说,结果表明一些临床变量(如尿液白(bái)蛋(dàn)白(bái)、血清ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白a)虽然具有一定的灵敏度和特异性,但是(shì)整体准(zhǔn)确度仍然差强(qiáng)人意(yì),因(yīn)此临床需要更加准确的方法(fǎ)。另外(wài),我们(men)还在训练组中建立(lì)5hmC和不同临(lín)床变量的(de)多变量组合模型进行(háng)评估,该模型(xíng)加权平均分的AUC要明显大于传统临床变量的AUC。若将这些临床变量与加权平均分(fèn)进行结(jié)合,AUC也将进一步提(tí)高。因此,该多变(biàn)量模型表明加权(quán)平(píng)均分(fèn)可作为一个独立的指标用于监测(cè)2型糖尿(niào)病血管并(bìng)发症。
信(xìn)号通路分析和功能探究 有并发症和(hé)无并发症(zhèng)病人(rén)的135个差(chà)异(yì)候选基(jī)因(yīn)的功能注(zhù)释分析表明,这些基因主要富集在一些经典的信(xìn)号通路。错(cuò)误发现率相关P值位于前10%和基因(yīn)数(shù)目≥3的信号通路包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的(de)信(xìn)号通(tōng)路。由IGF1R和IL-10介(jiè)导的(de)信号(hào)通路与胰岛(dǎo)素抵抗及炎症反应相关,在(zài)血管生物学(xué)和糖(táng)尿病发生发(fā)展过程中发挥(huī)重要(yào)作用。 Reactome相互作用网络的中心表(biǎo)明,泛(fàn)素(sù)编码基因[泛素B (UBB),泛素(sù)C (UBC),泛素A-52亚(yà)基核(hé)糖体蛋白融合产物(wù)1(UBA52)]是(shì)候选基因(如SMAD3, FOXD2, DRAP1, MCIDAS, MLN, PIANP和TBCC)的重要连(lián)接(jiē)者(zhě)。在这135个差异候选基(jī)因中, 一些(xiē)基因(yīn) (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLN, P=0.0021, HR=20.40; CCL3L1, P=0.018, HR=0.44)表现(xiàn)出与糖(táng)尿(niào)病病程(chéng)相关的倾向,表明(míng)5hmC和糖尿病(bìng)血管并发症之间可能存在时间依赖性的相互(hù)作(zuò)用。基于纵向时间队列(liè)的大样本研究,将可进一步明确5hmC变化和糖(táng)尿病持(chí)续时间之间的(de)动态关联(lián)。关于单一并(bìng)发症(zhèng)和多(duō)种并发症(zhèng)病人的159个(gè)候选标志基因的功能(néng)注释研究发(fā)现,存(cún)在细胞-细胞连接、胶原蛋白形成、新陈代谢、细胞应(yīng)激应(yīng)答信(xìn)号通路的富(fù)集,这些(xiē)信号通路均与细胞基本功能密切(qiē)相关。 研究意义 血管并发症是三分之二糖尿(niào)病病人的死(sǐ)亡原因,若能及早(zǎo)有(yǒu)效控(kòng)制血(xuè)管并发症的(de)发生(shēng),将极大地(dì)改善糖尿病病(bìng)人的生(shēng)存质(zhì)量。该研究建立了一种利用cfDNA进(jìn)行2型糖尿病血管并发症监测(cè)的无(wú)创(chuàng)便捷方法,较目前临床(chuáng)标志物能(néng)更准确地监(jiān)控血管并发症的发(fā)生,从而提(tí)示临床(chuáng)及早采(cǎi)取应对措施,有效控制病情进展。
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